一、办公室
协助局领导组织协调机关工作;负责综合性文字材料的起草、把关；负责重大环境污染和环境污染纠纷情况通报；负责信息网络、保密、车辆等管理工作；协调保障环保行政执法工作的正常运行。负责老干部服务工作。负责做好来信、来访的登记、接待和催办工作。承办领导交办的其他事项。
二、人事劳资科
负责人事、劳资和机构编制管理工作；负责全局干部人事档案、离退休干部管理工作；负责局属部门专业技术人员的技术职务晋升的审查和继续教育工作；负责局系统评先推荐、审查、上报工作。
三、财务科
1、贯彻落实党和国家财政制度和财经纪律，负责全系统财务、审计工作制度的制定及监督。
2、负责全市环保业务经费预决算及使用的监督管理工作。
3、负责全市排污收费、监测收费、罚没收入及各类收罚票据的监督管理工作。
4、负责全系统财务统计工作。
四、项目科
负责拟定并监督实施全市环境建设项目环境管理有关办法，综合管理全市建设项目环境保护审批和“三同时”落实情况的管理工作。
五、污染控制科
负责拟定有关环境污染防治办法并监督实施；负责大气、水体等环境保护监督管理及废气、废水、噪声、振动、固体废物、有毒化学品、污染防治工作；落实全市环境目标责任制，对排污许可证、污染源限期治理达标排放工作进行协调和管理；组织编制环境功能区划；负责城市环境综合整治定量考核工作；组织拟定并监督实施重点流域、区域污染防治规划；协同有关部门制定全市限期淘汰、严重浪费资源、能源的落后工艺、设备和产品的名单。
六、法规科
组织拟定环境保护有关办法；负责组织环境保护行政处罚、行政复议和环境保护业务范围内的行政应诉工作；负责环境保护行政执法证件的管理；对全局执法人员行政执法进行监督，组织全市环境保护执法检查；组织重大环境保护问题的调查和研究工作。
七、统计科
负责各监察所排污收费环境基层统计任务的统计管理工作。
八、信访科
负责环境违法案件的查处和污染事故、污染纠纷的调查处理工作；协调跨县（市、区）环境污染事故、纠纷的调查处理工作；负责承办人大提案、政协议案、群众来信来访工作。
九、宣教中心
组织环境保护法律、法规、政策及环境保护知识等方面的宣传，提高全民环境意识；开展社会环境教育，推动公众和非政府组织参与环境保护。
十、排污申报科
负责全市排污申报登记审核和管理工作。
十一、监测站
1、贯彻执行本市环境监测规划和年度计划。
2、负责辖区内环境质量和污染源监测工作，包括对市区内河流及水质进行监测、对市区大气环境质量进行监测、对辖区内所有污染源实施监测，建立健全排污监测档案，提交监测报告。
3、承担建设项目环境影响的现状评价监测：“三同时”和限期治理项目的竣工验收监测；承担排污申报、排污统计许可证监测工作。
4、负责组织辖区内应急环境监测，负责辖区内环境污染事故调查监测。
十二、督察队
十三、监察大队
负责全市污染企业的日常监督管理及排污费征收工作。